Egernsund kirke blev bygget i årene 1907 til 1909, og den blev indviet d. 22 september 1909.
Før den tid var der kun en kirke på Broagerland, nemlig den i Broager.
Initiativet til byggeriet kom fra arkitekt Richard Dethlefsen. 
Hans store familie i Egernsund var til stor hjælp, da planen skulle realiseres.
De fik teglværksejernes koner med på ideen, og dermed var lykken gjort.
De kære mandfolk var så nødsaget til at give den økonomiske opbakning.
På et møde på Færgekroen blev beslutningen taget og arbejdet fordelt
Grunden med skrænten ned til Flensborg Fjord blev skænket af teglværksejer Asmus Poulsen, Prinzenhof.
Teglværksejer Hüttmann forærede de røde håndstrøgne Egernsundsten.
Teglværksejer Carl Matzen gav de almindelige røde tagsten
 
 Rendbjerg forærede de mange specielle sten, b.la farveglasserede sten, der dekorerer facaderne, alteret og døbefonden.
De specielle tagsten til tårnet blev ligeledes foræret af Rendbjerg, taget er senere blevet udskiftet til kobber
Der blev ligeledes givet tilsagn om økonomisk støtte og frivillig arbejdskraft
Fru Provstinde Reuter forærede  vinduerne i koret med glasmosaik udsmykning
Arbejdet begyndte i 1907, og blev ledet af bygmester Friederich Horn fra Broager
Onsdag d. 22 september 1909 blev kapellet officielt indviet. 
Med dampskib kom de øverste kirkeforordnede fra regeringen samt de indbudte gejstlige med generalsuperintendant D. Kaftan i spidsen. Bygmester Horn overrakte nøglen til Kaftan, hvorefter denne igen overgav nøglen til Pastor Nissen, Broager. 
Skolebørn sang og de ca. 200 kirkegængere tog plads.
Åbningstalen blev holdt af gereralsuperintendant D. Kaften, hvorefter han overrakte en bibel, en gave skænket af Hendes Majestæt Kejserinde Auguste Viktoria (1858-1921) der stammede fra hertugdømmet Augustenborg, biblen var med hendes egenhændige indskrift " lasset uns Ihn lieben denn er hat uns zuerst gelibt" Pastor Nissen holdt hovedprædiken, hvor han til slut meddelte at der skiftevis ville blive holdt dansk og tysk gudsstenester.Efter gudstjenesten, hvor sangkoret "Lyra" havde sunget, begav de ca 50 særlig indbudte sig ned til et festligt dækket brod på Færgekroen. Pastor Nissen ledede festen, Der blev talt af flere, og sendt et lykønskningstelegram til kgl. regeringsbygmester R. Dethlefsen i Königsberg. Til slut uddelte generalsuperintendant D. Kaftan kejserlige ordner til pastor Nissen og teglværksejerne Paul Knønagel og Carl Matzen.
 
Bygningen måtte i begyndelsen kun bruges som kapel, alle andre kirkelige handlinger blev stadig udført i Broager kirke.
Ved kongelig resolution af 10.09.1959 blev kapellet til Egernsund Sognekirke  med deres egen præst og menighedsråd.
Embedet som præst i Egernsund, var dog kædet sammen med et embede som hjælpepræst i Broager.
Denne "kæde" blev brudt i 2008, og Egernsund var derefter et selvstændigt kirkesogn.
Alteret er også opbygget af sten og dekoreret med glasserede sten. Alterbilledet er ligesom det øvrige træarbejde lavet i Sydyrol., og viser Maria Magdalena knælende foran den korsfæstede Kristus, og ved hendes side ses Maria og apostlen Johannes. Over korset ses  forkortelsen "I.N.R.I" og det betyder "Jesus Nazarenus Rex Judæorum" oversat til dansk  "Jesus af Nazareth, Jødernes konge"  
 
På alterbordet ligger der en sølvbeslået bibel med indskrift, skænket ved indvielsen af den tyske kaiserinde Viktoria (Sønderjylland var på det tidspunkt en del af det tyske kejserrige 1864-1920)
 
Prædikestolen hviler på en træsøjle med store blomsterdekorationer, og træværket er bemalet med blomster

Døbefonten er ligesom alteret opmuret af tegl, og skålen er af bronze

Orglet er bygget af Marcussen &Søn, Aabenraa i 1966. 
Det er på 10 stemmer fordelt på to manualer og pedal. 
Dispositionen er: 
Man.I: Spidsgamba 8', Principal 4', Gedaktfløjte 2', mixtur II-III. 
Man.II: Gedakt 8', Rørfløjte 4',  Principal 2', Quint 11/3. 
Ped.: Subbas 16', Gedakt 8'.
Foran på orgelet står der på latin  "Utinam a facie tua montes defluerent"  Den betyder: "Måtte bjergene skælve foran dit ansigt"  (Esajas 64,1)
 
Klokken er anbragt i det lille tårn og betjenes med håndkraft. Der ringes på alle hverdage morgen og aften og der afsluttes med bedeslag. Der ringes en halv time før gudstjenesten, og ved gudstjenestens begyndelse.
Her i Sønderjylland er der en tradition for, at der ringes med kirkeklokken ved dødsfald i sognet. Denne "sjæleringning" høres altid kl. 11.
Klokken er støbt i Lübeck af M.O. Ohlsens klokkestøberi. Klokken bærer indskriften "Alles ding seine zeit Gottes lieb in ewigkeit"
 
Kirkeskibet er der en model af skoleskibet "København", en femmasters bark, der på en rejse til Buenos Aires i 1928 sporløs forsvandt. 
 
I 2001 blev det nye sakristi bygget. Det bruges b. la. som  præstens omklædningsrum, til menighedsrådsmøder og øvelokale for kirkekoret.
Her er også toilet og et lille køkken hvor der kan laves kaffe. 

 
Den specielle beliggenhed ved Flensborg Fjord gør at kirken er særdeles smuk, både set fra land og fra vandet.